Kaneda is de leider van een Motorbende in Neo-Tokio. Tetsuo is één van de bendeleden en is altijd de benjamin geweest, die onder bescherming van Kaneda staat. Als Tetsuo wordt gearresteerd, wordt hij als proefkonijn gebruikt voor een militair experiment, waardoor hij ongelooflijke krachten krijgt.

Mima Kirigoe is een zangeres die stopt met zingen om te gaan acteren, een beslissing waar haar fans niet blij mee zijn. Geplaagd door twijfel en gekweld door vernederende compromissen, wordt zij gestalked, zelfs in haar dromen, door een alter ego die beweert "de echte Mima" te zijn.

Jaren na de gebeurtenissen van Megazone 23 II is de enige stad op aarde het zogenaamd idyllische Eden. Daar woont Eiji Takanaka, een B Level-hacker die zojuist is toegelaten tot EX, de organisatie die Eden controleert. Maar vóór zijn eerste werkdag raakt hij verwikkeld in een netwerkoorlog, een legendarisch figuur genaamd EVE, en een complot om de aarde opnieuw te bewonen.