Alles speelt zich af in 2029. Het Ministerie van Buitenlandse Zaken heeft de ideale topagent, de 'Puppet Master' gemaakt. Deze is niet menselijk, heeft geen lichaam en kan zichzelf verplaatsen via de elektronische snelweg, het net.

Kiki is een heks die net 13 jaar oud is geworden. Zoals altijd bij heksen gaat ze op haar 13e weg van huis om zelfstandig te worden. Als ze eenmaal een stad heeft gevonden waar ze wil gaan wonen merkt ze dat het lastig is om zich daar te vestigen en haar beroep uit te oefenen.

Ron Kovic werd geboren op 4 juli 1946, de Amerikaanse nationale feestdag. Hij groeide op in een patriottische familie. Op school blinkt hij uit in sport en op 18-jarige leeftijd neemt hij vrijwillig dienst bij het marinekorps, wetend dat hij als getrainde vechtjas meteen naar Vietnam zal gestuurd worden.

Evelyn Salt is een CIA-agente, die ervan wordt beschuldigd een Russische spion te zijn die van plan is de president van Rusland te vermoorden. Wanneer ze op de vlucht slaat, komen al haar vaardigheden en haar verleden als geheim-agente goed van pas. Ze moet er echter voor zorgen om haar naam te zuiveren, voordat de machtigste machten ter wereld haar te pakken zullen krijgen en elk spoor van haar bestaan zullen wissen...

Atsuko Chiba is een psychiatrice die geavanceerde technologie hanteert om het brein van haar patiënten te doorgronden. Ze leidt een dubbelleven als Paprika, een high-tech detective die dezelfde technologie gebruikt om te achterhalen wat er in de gedachten omgaat van de mensen die ze zoekt. Wanneer de technologie echter gestolen wordt moet Paprika er snel achteraan, aangezien de hele stad in een golf van psychologische instabiliteit verkeert.

Colter Stevens wordt met een schok wakker in een trein op weg naar Chicago, en heeft geen idee waar hij is. Het laatste wat hij zich herinnert is een helikoptermissie in Irak. Nu zit hij in het lichaam van iemand anders, maar voor hij iets kan doen, vernietigt een bomexplosie het complete treinstel en alle passagiers.

Een combinatie van verschillende verhaallijnen en videoclips van Michael Jackson. Zo wordt Michael Jackson door een menigte achtervolgd, maar vindt hij een slimme manier om te ontsnappen en moet hij het opnemen tegen een schurk (Joe Pesci), die alle kinderen op de wereld aan de drugs wil helpen en een meisje ontvoert. Maar is de schurk opgewassen tegen Michael Jackson's speciale, magische krachten?

Verhaal over drie daklozen, met ieder hun verschillende, eigenzinnige karakter, die samen de dagen voor kerst in het besneeuwde Tokio proberen door te komen. Ze vinden een baby en doen hun best om de ouders van het kind te vinden.

Josh maakt, bij een machine op een kermis, een wens om groter te zijn. Hij wordt de volgende ochtend wakker en de wens blijkt waarheid te zijn geworden. Hij heeft een lichaam van iemand van dertig maar van binnen is hij nog steeds 13. Nu moet hij leren te leven als een volwassene, want de kermis is weg. Hij zal dus een gewone functie in de samenleving moeten nemen totdat hij de machine heeft gevonden om de wens om te draaien.

Mima Kirigoe is een zangeres die stopt met zingen om te gaan acteren, een beslissing waar haar fans niet blij mee zijn. Geplaagd door twijfel en gekweld door vernederende compromissen, wordt zij gestalked, zelfs in haar dromen, door een alter ego die beweert "de echte Mima" te zijn.

In de toekomstige wereld, na een bijna totale uitroeiing van het leven op aarde, gaat de mensheid met behulp van gigantische robots (Eva's) het gevecht aan tegen aanvallen van de gevaarlijke Angels.

Batou is een levende cyborg wiens lichaam volledig door mensen werd gemaakt. Het enige 'menselijke' aan hem is zijn brein, waarin de herinneringen sluimeren van een vorig leven.

Wanneer er een tankwagen midden in een stad wordt opgeblazen, komt er een dodelijk virus vrij. De Bebop-crew gaat onmiddellijk achter de dader aan als ze horen dat er een grote beloning wordt uitgeloofd. De zaak wordt almaar vreemder als blijkt dat de koelbloedige Vincent Volaju - waarvan aangenomen werd dat hij al tientallen jaren dood was - de hoofdverdachte van de aanslag is...

Op de avond dat Jezus Christus geboren wordt, wordt in het stalletje ernaast ook Brian geboren. Op volwassen leeftijd sluit Brian zich aan bij het Volksfront van Judea: een organisatie die zich tegen de Romeinen verzet.

Nu Jigsaw en zijn kompaan Amanda dood zijn, lijkt het spel afgelopen. Maar als een nieuw videobandje van Jigsaw opduikt, blijkt het spel nog lang niet aan zijn eind te zijn. Twee FBI-profilers proberen de hele puzzel op te lossen en speuren door Jigsaws overgebleven spullen. Maar als een SWAT-lid ontvoerd wordt en onderdeel van het spel blijkt krijgt hij negentig minuten om, behalve zijn eigen leven, het leven van een oude vriend te redden.

Een paar weggelopen kinderen reizen naar Duitsland, omdat ze denken dat hun vader daar leeft. Hun belevenissen onderweg variëren van hartverwarmend tot vreselijk. Ze worden onder andere in de armen gesloten door een groep acteurs en een motorrijder, maar komen ook in aanraking met minder vriendelijke individuen.

Ray Tango en Gabriel Cash zijn twee succesvolle drugsagenten die elkaar niet uit kunnen staan. Misdaadbaas Yves Perret weet het voor elkaar te krijgen dat de twee voor moord opgepakt worden. Wanneer ze vervolgens in de gevangenis gegooid worden tussen vele criminelen die ze zelf achter de tralies hebben gezet zijn ze op elkaar aangewezen om hun naam te zuiveren en de slechte Perret te pakken te krijgen.

Een kwade bosgod infecteert een prins met een dodelijke ziekte. Hij zal sterven als hij geen geneesmiddel zal vinden, maar het lijkt er op dat hij in het Oosten van het rijk hulp kan vinden.

Tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog zaaien bendes dood en verderf in het Wilde Westen. Het rustige leventje van Josey Wales, een landbouwer uit Missouri, wordt plots totaal verwoest, wanneer een bende guerrilla's zijn echtgenote en zoontje vermoorden.

Het verhaal gaat over Sheeta, een meisje met een mysterieuze steen. Ze wordt achterna gezeten door piraten en het leger. Met behulp van de steen kan men namelijk Laputa vinden. Laputa is een legendarische stad die in de lucht zou zweven.