Na de incidenten waarbij Heath Oslo betrokken was, is het bestaan ​​van de Japans-Amerikaanse terrorismebestrijdingsorganisatie, bekend als CIRS, nu algemeen bekend. CIRS werd van de grond af aan opnieuw opgebouwd en de meer verborgen functies ervan werden overgedragen aan een nieuw agentschap: SORD (Social Ops, Research & Development). Het belangrijkste doel van SORD is om een ​​nieuwe generatie spionnen op te leiden om het land te verdedigen tegen toekomstige bedreigingen. Om haar doelen te bereiken heeft de organisatie veel scholen in het land gebouwd. De Mihama Academie, verlaten na de plotselinge sluiting, is een gespecialiseerde opleidingsschool geworden. Deze nieuwe Mihama Academy biedt dus onderdak aan verschillende groepen studenten die elke dag hard werken om hun vaardigheden te verbeteren. Deze studenten brengen hun eigen veiligheid in gevaar door zich te verdiepen in verschillende buitengerechtelijke missies, allemaal voor het welzijn van het land.