In 2067 begint de mensheid in te zien dat de voortschrijdende ontwikkeling van robot-technologie grote negatieve gevolgen heeft voor de humanitaire kant van de mens. De VN neemt hierop een resolutie aan die de verdere ontwikkeling van deze zogenaamde cybertechnologie verbiedt. Japan, onder druk van het enorme bedrijf Daiwa Heavy Industries, marktleider in deze sector, wijst de resolutie af, trekt zich terug uit de VN en schermt zich af met een elektronisch schild. Het raakt hierdoor compleet afgezonderd van de wereld. Vexille is een jonge, vrouwelijke Special Agent van een eenheid in L.A. die cybertechnologie-criminaliteit onderzoekt. Ze komt in aanraking met een hoge baas van Daiwa en het blijkt dat hij gedeeltelijk robot is, zijn vlees is vervangen door bio-metaal. De wereld raakt ervan overtuigd dat er foute zaken gaande zijn in Japan...

De talentvolle tovenares Lucy Heartfilia, de heethoofdige Natsu Dragneel, de vliegende kat Happy en hun vrienden en aanhangers van het tovenaarsgilde Fairy Tail, reizen naar het eiland koninkrijk Stella. De verrader Zash Caine heeft daar namelijk het krachtige magische artefact Dragon Cry naartoe gebracht, waardoor de wereld vernietigd zou kunnen worden. Hij heeft het gestolen uit de tempel van het koninkrijk Fiore, waar het lang veilig bewaard werd.

Het verhaal speelt zich af in een tijd waarin zowel mensen als niet-menselijke wezens in dezelfde samenleving wonen. Het Koninkrijk der Leeuwen werd bijna vernietigd door de kwaadwilligheid van de Demon Clan, maar uiteindelijk gered dankzij de inspanningen van de prinses van het Koninkrijk, Elizabeth, en een groep sterke ridders die bekend staan als de Zeven Hoofdzonden.

Yuta Okkotsu is een nerveuze middelbare scholier die aan een ernstig probleem lijdt: zijn jeugdvriendin Rika is in een vloek veranderd en wil hem niet met rust laten. Omdat Rika geen gewone vloek is, wordt zijn benarde situatie opgemerkt door Satoru Gojo, een leraar op Jujutsu High, een school waar beginnende exorcisten leren hoe ze vloeken kunnen bestrijden. Gojo overtuigt Yuta om zich in te schrijven, maar kan hij op tijd genoeg leren om de vloek die hem achtervolgt het hoofd te bieden?

Terwijl een meedogenloze indringer dreigt hun volk tot slaaf te maken en de Kaaba, een heilig heiligdom, te vernietigen, neemt het volk van Mekka de wapens op. Omdat ze slechts een kleine strijdmacht kunnen verzamelen tegen het enorme leger, lijkt een nederlaag vrijwel onvermijdelijk. Aus, een ogenschijnlijk eenvoudige pottenbakker die vecht om zijn familie te beschermen, wordt gedwongen zijn duistere verleden te onthullen. Abraha's leger nadert snel en het lot van Mekka en zijn inwoners staat op het spel. Zullen de inwoners van Mekka het kolossale leger verslaan met niets anders dan hun eenvoudige verdedigingswerken en hun liefde voor hun stad?

Als gevolg van een oorlog, die de helft van de mensheid heeft gedood, staat de stad Olympus als een toren van hoop in een wereld vol chaos en conflicten. Deze utopie wordt geregeerd door Gaia en geholpen door genetisch gemaakte humanoids beter bekend als Bioriods. Deunan en Briareos zijn lid van de E.S.W.A.T., een speciale elite eenheid in Olympus die wordt ingezet wanneer er problemen zijn in de stad. Hun partnerschap wordt getest wanneer er een Biorod genaamd Tereus aan hun team wordt toegevoegd. Deze Biorod is gemaakt van het DNA van Briareos en bezit daardoor ook zijn eigenschappen. Tegelijk wordt Olympus in het geheim aangevallen door een groep wetenschappers die hun eigen versie van vrede op Aarde willen doorvoeren.

De plot van deze film speelt zich 30 jaar na de originele serie af. Wanneer een meteoor op het punt staat de aarde te naderen, ontmoeten Summer Adams, Cole en Bruno elkaar en werken ze samen om de invasie van Onimaro te stoppen met de kracht van een nieuwe Yo-kai Watch en Yo-kai die kunnen wisselen tussen Lightside en Shadowside. . De film zelf dient als proloog op de anime Yo-kai Watch Shadowside, die een paar maanden na het debuut van de film in Japan in première ging.