Na de gebeurtenissen in de eerste film voltooit de Militie de restauratiewerkzaamheden aan het opgegraven ruimteschip en reist ze naar de maan om af te rekenen met Gym Ghingnham en Agrippa Onderhouder, die samen met Dianna Soreil een regerend driemanschap vormen over de Moonrace. Op de maan evolueert de politieke situatie snel naarmate er nieuwe deals worden gesloten, wat de weg vrijmaakt voor een beslissende eindstrijd om de relatie tussen de mensen op aarde en het technologisch geavanceerde maanras te bepalen.

Op een dag valt er vanuit de lucht een gigantisch schip op de Straw Hats. Na een ternauwernood te zijn ontsnapt, en terwijl ze nog steeds in shock zijn, wordt door de wind een kaart naar het 'Sky Island' naar hen toe geblazen. Terwijl op weg zijn, ontmoeten ze een andere piraat en ontdekken dat hij een afstammeling is van een beruchte Sky Island-ontdekkingsreiziger die vier eeuwen geleden zelfs werd afgebeeld in een prentenboek “Noland The Liar”. Noland was echter mogelijk toch geen leugenaar en zou eigenlijk naar Sky Island zijn gegaan.

Loran Cehack is een spion die vanaf de maan is gestuurd om de aarde te verkennen, die ze van plan zijn binnen te vallen. Hij begint van de aarde te houden als zijn ware thuis en nadat hij een gigantische mecha uit de donkere middeleeuwen heeft ontdekt, begint hij de aarde te verdedigen in de oorlog. Het jaar is C.C. 2345. De toenemende spanningen tussen het Earthrace en Moonrace zijn ontaard in een totale oorlog. De enige hoop van de mensheid op vrede ligt bij een jonge Moonrace-jongen genaamd Loran Cehack, en zijn mysterieuze Turn-A Gundam, een overblijfsel uit een duistere geschiedenis die de aarde eeuwen geleden bijna verwoestte. Als burger van de maan is Loran loyaal aan de mooie koningin Dianna Soreil, terwijl ze ondertussen vecht om de technologisch superieure Moonrace op afstand te houden terwijl de pre-industriële Earthrace wanhopig haar achterstand probeert in te halen.