In een alternatieve versie van het heden is Tokio gedecimeerd door een schokkende terroristische aanslag, en de enige aanwijzing voor de identiteit van de dader is een bizarre video die op internet is geüpload. De politie, verbijsterd door deze cryptische aanwijzing, is niet bij machte om de paranoia die zich onder de bevolking verspreidt, te stoppen. Terwijl de wereld zoekt naar een crimineel meesterbrein dat verantwoordelijk is voor deze tragedie, voeren twee mysterieuze kinderen – kinderen die niet eens zouden mogen bestaan ​​– op meesterlijke wijze hun gruwelijke plan uit. Vervloekt om door deze wereld te lopen met de namen Negen en Twaalf, vormen de twee samen 'Sphinx', een clandestiene entiteit die vastbesloten is de mensen uit hun slaap te wekken - en de trekker over te halen op deze wereld.

Een teruggetrokken, 17-jarige professionele shogi-speler werd al op jonge leeftijd wees. Hij kruipt steeds meer uit zijn schulp als drie zussen hem onder hun hoede nemen.

Een 34-jarige hikikomori wordt na de dood van zijn ouders door zijn familie uit zijn huis gezet. Na zijn uitzetting redt hij een groep tieners van de dood door een snel rijdende vrachtwagen, maar verliest daarbij zijn leven. Als hij bijkomt, realiseert hij zich dat hij herboren is als Rudeus Greyrat, in een wereld van zwaarden en tovenarij.

Het verhaal speelt zich af in het jaar 1937, aan de vooravond van de Tweede Wereldoorlog, en gaat over een mysterieuze spionageopleidingsorganisatie die bekend staat als de 'D Agency'. De organisatie is opgericht door luitenant-kolonel Yuuki van het keizerlijke Japanse leger. Zijn idealen brachten hem ertoe mensen te rekruteren die verder gingen dan alleen afgestudeerden van de militaire academie en personeel, terwijl hij hen opleidde tot bekwame agenten in de kunst van manipulatie. Deze agenten zouden een gespecialiseerd team worden om operaties uit te voeren. Eén van die antiheldenagenten, genaamd Jirou Gamou, gaat op een aangrijpende missie om geheime documenten met de titel 'Black Notes' te ontdekken, terwijl hij strijdt tegen krachten van binnen en buiten zijn eigen gelederen.

Na een grote oorlog waarin bijna alle mana was uitgeput, is de wereld leeg gezogen. De planten verkommeren, de grond is niet meer zo vruchtbaar als voorheen en de dorpen moeten opnieuw worden opgebouwd. De bevolking leidt een zeer arm leven. Om de godin Martel, die zich in de hemel terugtrok, wakker te maken en de oorlog van de mensen te vergeten, moet de uitverkorene op de 'reis van wereldvernieuwing' gaan. Colette is die uitverkorene. Op een dag verschijnt het orakel aan haar in de vorm van een engel, wat het begin van een nieuw tijdperk inluidt. Ze zou naar de Toren van Verlossing reizen om de trap naar de hemel te beklimmen. Onderweg moet ze vier zegels verbreken, aan elke zegel moet ze slagen voor een examen. Als het haar lukt, zal de mana van haar wereld worden hersteld.

Saku Oyagi keert terug naar zijn oude geboorteplaats om naar de Soei High School te gaan. Op de eerste dag komt hij een oude jeugdvriend tegen: een tweedejaars genaamd Mihoshi Akeno. Als kinderen speelden de twee samen, waarbij Mihoshi, of Mii-chan, dol was op astronomie. Nadat ze Saku heeft overtuigd om lid te worden van de astronomieclub van de school, voegt een ander meisje, Hime Makita, zich bij de club in de hoop Saku voor zich te winnen. Dit is het verhaal van de zes clubleden van de Soei High School Astronomy Club terwijl ze door hun leven vliegen, waarbij ze allemaal volwassen worden en hun kijk op het leven veranderen.

Zolang hij zich kan herinneren, kan Ichigo Kurosaki geesten zien. Maar wanneer hij Rukia ontmoet, een Soul Reaper die vecht tegen boze geesten die bekend staan ​​als Hollows, merkt hij dat zijn leven voor altijd is veranderd. Nu, met een hernieuwde rijkdom aan spirituele energie, ontdekt Ichigo zijn ware roeping: de levenden en de doden beschermen tegen het kwaad.

Als kwade machten dreigen om Anthrasax, god van de vernietiging, weer tot leven te wekken, vraagt het koninkrijk Meta-llicana een wispelturige duistere tovenaar om hulp.