De mensheid op Aarde is vernietigd door de bionoids en de mensen op de Macross zijn de enige overgebleven mensen. Ze worden door de bionoids achtervolgd. Deze bionoids zelf zijn ook in oorlog met elkaar. Later ontdekken de mensen een prehistorische stad, waar ze een lied zullen vinden dat de mensheid zou kunnen redden....

Flash Back 2012 is het afscheidsconcert van Minmay. Met enkele van haar beste nummers wordt de muziek uitgevoerd tijdens verschillende scènes en gebeurtenissen uit de eerste Macross-televisieserie en de Macross: Do You Remember Love-film. Ook inbegrepen is een nieuwe geanimeerde slotscène die de lancering van Misa's kolonieschip, de Megaroad-01, in de ruimte laat zien.