In het jaar 20XX ontvangt een jonge jongen genaamd Netto Hikari een heel bijzonder geschenk als hij naar de 5e klas gaat: zijn eigen aangepaste Net Navi, Rockman.

Ze is een dief. Een moordenaar. Een heilige en een schandaal. Ze is alles wat je nodig hebt om de klus te klaren. Ze is adembenemend om te krijgen wat ze wil. Ze neemt al het andere gewoon omdat ze het kan. Het is allemaal een nachtwerk voor de vrouw die Fujiko Mine heet. Zij is de sluwe, zwoele draad die de bemanning van Lupin III bij elkaar houdt – en dit is de overval waarmee het allemaal begon.

Dr. Oki, de geniale wetenschapper die een nieuw type onderzeeër heeft ontworpen, ontbreekt. Zijn zoon, Susumu, ruikt een kwaadaardig plan van een onbekende groep. Hij weet alles van de onderzeeër van zijn vader genaamd 'Super 99': uitrusting, wapens, functies en capaciteit. Susumu denkt dat het vinden van zijn vader betekent dat je de geheime organisatie, Helmet Party, moet vinden en hun samenzwering moet stoppen. Met de hulp van zijn vrienden en het Korps Mariniers gaat hij op een onderwatermissie, niet wetende hoe gevaarlijk zijn onderneming is...

In de toekomst, waarin technologische verbeteringen en robotica een manier van leven zijn, zorgen majoor Motoko Kusanagi en Sectie 9 voor de banen die te moeilijk zijn voor de politie. Sectie 9 heeft hackers, scherpschutters, rechercheurs en cyborgs in dienst, allemaal in een poging cybercriminelen en hun plannen om onschuldigen aan te vallen te dwarsbomen.

Het verhaal speelt zich af in het jaar 1937, aan de vooravond van de Tweede Wereldoorlog, en gaat over een mysterieuze spionageopleidingsorganisatie die bekend staat als de 'D Agency'. De organisatie is opgericht door luitenant-kolonel Yuuki van het keizerlijke Japanse leger. Zijn idealen brachten hem ertoe mensen te rekruteren die verder gingen dan alleen afgestudeerden van de militaire academie en personeel, terwijl hij hen opleidde tot bekwame agenten in de kunst van manipulatie. Deze agenten zouden een gespecialiseerd team worden om operaties uit te voeren. Eén van die antiheldenagenten, genaamd Jirou Gamou, gaat op een aangrijpende missie om geheime documenten met de titel 'Black Notes' te ontdekken, terwijl hij strijdt tegen krachten van binnen en buiten zijn eigen gelederen.

De duisternis dringt binnen en de jonge exorcist Allen Walker is de grootste hoop van de mensheid tegen de kwade krachten die samenzweren om de beschaving op de knieën te krijgen. Akuma – wrede geesten geboren uit tragedie en verloren zielen – loeren in elke schaduw, bereid en gretig om de bevelen van hun leider, de gevreesde Millennium Earl, op te volgen. Met een oog vervloekt om het kwaad in zijn ware vorm te zien en gezegend met een arm om zielsverslindende demonen te doden, staat Allen klaar om het toenemende kwaad het hoofd te bieden. Als hij faalt, zal de onschuld voor altijd verloren zijn. De oorlog om het lot van de mensheid te beslissen is begonnen – en het bloedbad zal eindeloos zijn.

In de verre toekomst verlaat de mensheid de aarde om zich te vestigen in de rest van het zonnestelsel, waar misdaadsyndicaten zich meten met de lokale overheid.

Momosuke is een jongeman met een droom: door Japan reizen en honderd verhalen verzamelen. Hij reist van plaats naar plaats, op zoek naar verhalen over het paranormale en bizarre, in de hoop verhalen te verzamelen om in zijn boek te publiceren. De rust van Momosuke's leven wordt echter al snel verstoord door een toevallige ontmoeting met drie sinistere wezens: Mataichi de priester, Nagamimi de vogelroeper en de mooie Ogin. Al snel ontdekt Momosuke dat er misschien meer aan de hand is met zijn nieuwe kameraden dan op het eerste gezicht lijkt...