Shokuzai vertelt het verhaal over een klein Japans dorp waar vijftien jaar geleden het noodlot toesloeg toen het basisschoolmeisje Emily door een vreemde man werd vermoord. Vier klasgenoten met wie Emily aan het spelen was, vinden haar lichaam. De dader wordt nooit gevonden en de zaak blijft onopgelost. Verscheurd van verdriet roept Emily's moeder Asako een soort vloek over de vier meisjes uit, die zeggen zich het gezicht van de dader niet te kunnen herinneren. Ze zullen elk op hun eigen manier boete doen voor hun zwijgen.

Eiji Arima is een ervaren detective die op het punt staat met pensioen te gaan. Shoichi Sera is een jonge advocaat en Misuzu Haruna is officier van justitie. Deze drie mensen behoren tot het Gohan Taisakushitsu (‘Bureau voor Verkeerde Inschattingen’’). Het is hun taak om ter dood veroordeelde veroordelingen opnieuw te onderzoeken en na te gaan of iemand ten onrechte is veroordeeld.

Nadat politieagent Daigo Agawa een groot incident heeft veroorzaakt, neemt hij zijn vrouw en dochter mee naar het afgelegen bergdorpje Kuge. Het lijkt de perfecte plek om bij te komen van de beproeving, ondanks de mysterieuze verdwijning van een vorige officier die daar was geplaatst. Op een dag wordt het lichaam van een oude vrouw op de berg gevonden. De familie Goto zegt dat ze is aangevallen door een beer, maar Daigo merkt een menselijke bijtvlek op. Al snel wordt duidelijk dat niet alles is wat het lijkt in het dorp.

Een alleenstaande vader probeert wanhopig terug te keren naar 1986 nadat hij in 2024 is beland, waar zijn ideeën uit het Showa-tijdperk totaal ongepast blijken.