Een kunststudent genaamd Jin Mikuriya snijdt een standbeeld uit het hout van de Kannagi-boom, waarna het standbeeld tot leven komt in de vorm van een godin, die het standbeeld nu heeft overgenomen. Hij en 'Nagi' werken samen om de onzuiverheden die zich in de stad verzamelen te vernietigen.

Makoto Naegi is een gewone student zonder speciaal talent en wint een loterij om naar de prestigieuze Hope's Peak Academy te gaan, waar alleen de beste wonderkinderen aanwezig zijn. Maar in plaats van dat dit het begin is van een geweldig leven op de middelbare school, is het een kaartje tot wanhoop, want de enige manier om af te studeren aan Hope's Peak Academy is door een van je medestudenten te vermoorden of een van hun slachtoffers te zijn.

De avonturen van Sazae Fuguta en haar familie en vrienden in hun buitenwijk van Tokio.