Japan is na een virale apocalyps niet meer onafhankelijk en wordt bestuurd door GHQ. Wanneer de scholier Shu een vreemde kracht krijgt, gaat hij bij het verzet.

Het is het jaar 2307 na Christus. Hoewel de fossiele brandstoffen zijn opgebruikt, heeft de mensheid een nieuwe energiebron gevonden om deze te vervangen, in de vorm van een grootschalig systeem voor de opwekking van zonne-energie, gebaseerd op drie enorme orbitale liften. De voordelen van dit systeem zijn echter slechts beschikbaar voor een handvol grootmachten en hun bondgenoten. In deze wereld van eindeloze conflicten verschijnt er een particuliere gewapende organisatie, die zich inzet voor de uitroeiing van oorlog door middel van gewapend geweld. De naam is Celestial Being en hij is in het bezit van 'Gundam' mobiele pakken.

Okazaki Tomoya verveelt zich in het leven. Hij heeft een gespannen relatie met zijn vader en gaat niet regelmatig naar school. Op een dag ontmoet hij Furukawa Nagisa. Nagisa, die wegens ziekte het jaar overdoet, heeft in het nieuwe jaar nauwelijks vrienden en is teleurgesteld dat de schooltheatergroep niet meer bestaat. De twee worden vrienden. Tomoya steunt Nagisa in haar wens om een ​​nieuw theatergezelschap op te richten. De twee leren snel nieuwe mensen kennen. Geïnspireerd door zijn ontmoeting met Nagisa begint Tomoya ook met andere ogen naar zijn leven te kijken...

Een kunststudent genaamd Jin Mikuriya snijdt een standbeeld uit het hout van de Kannagi-boom, waarna het standbeeld tot leven komt in de vorm van een godin, die het standbeeld nu heeft overgenomen. Hij en 'Nagi' werken samen om de onzuiverheden die zich in de stad verzamelen te vernietigen.

Yui is een meisje dat net naar de middelbare school is gegaan en wier droom het is om lid te worden van een club, hoewel ze niet weet welke. Mio en Ritsu zijn twee jeugdvrienden die samen op school aankomen en besluiten lid te worden van de Pop Music Club, tenminste dat is wat Ritsu wil en daarmee sleept hij Mio tegen haar wil mee. De club heeft al haar leden verloren en alleen de twee blijven over als nieuwe leden. Als ze binnen tien dagen geen twee leden meer krijgen, wordt de club gesloten. Fortune zorgt ervoor dat een meisje dat op zoek was naar een andere club zich bij hen voegt en de vierde die lid wordt van de club zal Yui zijn. Het punt is dat Yui geen idee heeft van het bespelen van instrumenten, in tegenstelling tot haar 3 klasgenoten, dus zal ze helemaal opnieuw beginnen en met groot enthousiasme gitaar spelen, zodat ze samen kunnen spelen zoals God het bedoeld heeft.

Meisjes van over de hele wereld komen samen op de IS Academie om te leren hoe ze IS-piloot kunnen worden. Omdat Ichika echter op de een of andere manier IS kan besturen, ook al is hij een man, werd hij gedwongen om als enige man op deze school naar de IS Academie te gaan.

Chihaya Ayase heeft het grootste deel van haar leven de modellencarrière van haar zus ondersteund. Wanneer ze een jongen ontmoet die Arata Wataya heet, denkt hij dat Chihaya de potentie heeft om een ​​geweldige karutaspeler te worden. Terwijl Chihaya ervan droomt de beste karutaspeler van Japan te worden, wordt ze al snel gescheiden van haar karuta-spelende vrienden. Nu op de middelbare school speelt Chihaya nog steeds karuta in de hoop dat ze haar vrienden ooit weer zal ontmoeten.

In deze bovennatuurlijke anime strijden de broers Edward en Alphonse tegen kwade krachten om hun lichamen terug te krijgen nadat deze zijn verminkt.