Mushi zijn wezens die niet kunnen worden omschreven als dieren, planten, insecten of geesten. Ze bestaan ​​in veel verschillende soorten over de hele wereld. Ze leven in steden, in de natuur, in het water of in de lucht, maar ook naast planten, dieren en mensen. Sommige soorten komen per ongeluk, sommige zelfs opzettelijk, in contact met mensen en vormen een band die zowel goed als slecht voor hen kan zijn. De hoofdpersoon Ginko, een Mushishi, is een man die gespecialiseerd is in Mushi. Hij verzamelt informatie en redt tijdens zijn uitstapjes door het land vaak de levens van mensen die door Mushi zijn getroffen, of bevrijdt hen op zijn minst uit een onaangename situatie veroorzaakt door Mushi.

Terwijl ze rondhangt op het dak van haar school, ontdekt Nao Ueshima een zwerm vliegende katten. In haar haast om een ​​foto te maken, tuimelt Nao over de zijkant van het gebouw. Maar in plaats van naar haar ondergang te storten, wordt Nao geleid door een onzichtbare kracht die haar in staat stelt veilig op haar voeten te landen. Vastbesloten om de geheimen van de vliegende katten en de identiteit van haar redder te ontrafelen, komt Nao er al snel achter dat niet alleen een van haar leraren de wind kan beheersen, maar hij ook anderen kan leren de wind onder controle te houden!