Na een lange slaap die millennia heeft geduurd, besluit het Dinosaurusrijk opnieuw uit de ondergrond tevoorschijn te komen om de planeet terug te nemen. Professor Tachibana beseft het dreigende gevaar en ontwerpt een nieuw wapen om de invasie van deze oude wezens tegen te gaan, die genetisch gemuteerd zijn in de lange vergetelheid van de tijd. Helaas verliest Tachibana tijdens een experiment haar leven en raken haar twee kinderen ernstig gewond. Maar Ai en Zen (dit is de naam van de twee broers) worden op wonderbaarlijke wijze gered door professor Torii, die gedwongen wordt hen in cyborgs te veranderen en bionische delen in hun lichaam te implanteren. Zo ontstaat Team D, met als taak de planeet Aarde te beschermen.

In Kino's Journey reist de hoofdpersoon, Kino, vergezeld van een pratende motorfiets genaamd Hermes, door een mystieke wereld van veel verschillende landen en bossen, elk uniek in zijn gebruiken en mensen. Ze brengt zonder uitzondering slechts drie dagen en twee nachten door in elke stad, vanuit het principe dat drie dagen genoeg tijd is om bijna alles wat belangrijk is over een plaats te leren, terwijl er tijd overblijft om nieuwe landen te verkennen.

Japan, 1614, het Tokugawa-shogunaat verbiedt de beoefening van het christendom en slacht zijn aanhangers meedogenloos af. De verstrooide overlevenden plaatsen hun geloof in een profetie van verlossing: een Kind van de Hemel zal geboren worden om de gelovigen te bevrijden van hun vijanden. Toch schuilt er in dezelfde profetie een duister voorteken. Want er staat geschreven dat, mocht de beloofde redder wankelen, hij herboren zal worden als Satan. Nu is er een nieuwe leider, Shiro Amakusa, opgestaan ​​om de macht van de Shogun uit te dagen. De volgelingen van Christus geloven dat hun Verlosser is verschenen. Er schuilt echter onuitsprekelijk verraad in het christelijke bolwerk, terwijl de met bloed doordrenkte gruwel van de profetie wordt losgelaten!

Het verhaal van de stoïcijnse Armored Trooper-piloot Chirico Cuvie en zijn zoektocht naar antwoorden na een plotseling verraad zorgt ervoor dat hij op de vlucht is voor zijn eigen leger.