In dit tijdperk heeft de mensheid zich ontwikkeld tot twee ondersoorten: Naturals, die op aarde verblijven, en Coördinatoren, genetisch verbeterde mensen die in staat zijn de ontberingen van de ruimte te weerstaan ​​en die orbitale kolonies bewonen. Het verhaal draait om een ​​jonge coördinator Kira Yamato die betrokken raakt bij de oorlog tussen de twee rassen nadat een neutrale ruimtekolonie is binnengevallen door de coördinatoren.

Het speelt zich 15 jaar na de zevende ruimte oorlog af en de overlevende 98 miljoen inwoners van de aarde proberen zo goed mogelijk hun brood te verdienen in het post-apocalyptische landschap. Mobiele pakken en wapens die zijn overgebleven uit de oorlog vallen in handen van zowel burgers als andere organisaties op de planeet. In een poging om te voorkomen dat het verleden zich herhaalt, brengt Jamil Neate een groep Vultures samen om naar Newtypes te zoeken en ze te beschermen tegen uitbuiting. Terwijl ze deze taak proberen uit te voeren, herrijst een oude regering uit de as om te proberen de aarde te verenigen, terwijl andere krachten langzaam de oorlogsvlammen tussen de nieuw gevormde Nieuwe Aarde van de Verenigde Naties en het Space Revolutionary Army langzaam aanwakkeren. Nu wordt de bemanning van de Freeden geconfronteerd met een groot aantal vijanden terwijl ze een nieuwe catastrofale oorlog proberen te voorkomen.

Het verhaal van de stoïcijnse Armored Trooper-piloot Chirico Cuvie en zijn zoektocht naar antwoorden na een plotseling verraad zorgt ervoor dat hij op de vlucht is voor zijn eigen leger.

De briljante wetenschapper Sōzō Haran deed onderzoek op Mars toen hij de Meganoids creëerde, een nieuwe vorm van cyborgleven die in staat is tot metacognitie. Plots verloor Dr. Haran de controle over zijn creatie toen de Meganoids hem en zijn hele familie afslachtten, behalve zijn jongste zoon, de 16-jarige Banjō Haran. Banjō ontsnapte van Mars op een raket met Daitarn 3, een superrobot op zonne-energie. Nu 18 jaar oud en levend op aarde, vecht Banjō tegen de Meganoids en hun leider, Don Zauser. Banjō moet bondgenoten verzamelen om hem te helpen de Meganoid-dreiging te stoppen, die ernaar streeft alle mensen in cyborgs te veranderen en het menselijk ras te 'verbeteren'.