Drie millennia na de eerste invasie van de Space Pirates Barban is een nieuwe groep Gingamen – Hyuuga, Gouki, Hayate, Hikaru, Saya – geselecteerd om de aarde te beschermen. Tenminste, tenzij de Barban de ceremonie kunnen verstoren!

Nieuwe CE 2012. De mysterieuze organisatie Vagras wil de stad bedreigen door de Enetron te stelen, een nieuwe krachtbron die het leven van mensen ondersteunt. Het is aan de Go-Busters om samen met hun partners, de Buddyroids, de stad te beschermen.