We bevinden ons in een Meiji-tijdperk in Japan, waar mensen en youkai naast elkaar bestaan. Om de onderlinge conflicten het hoofd te bieden, richt de regering het 'Ministerie van Youkai en Volk' op, wiens taak het is de vrede te waarborgen. De medewerkers van het ministerie bestaan ​​uit zowel mensen als youkais, evenals het mens-youkai-meisje van gemengd ras Zakuro. Samen strijden ze voor een beter begrip tussen de twee groepen.

Parijs, 1742. Terwijl hij de moord op zijn mooie zus Lia onderzoekt, ontdekt D'Eon een kwaad dat schaduwen werpt in zowel de paleizen van koningen als de donkere steegjes van Europa. Het is een duistere en vreemde kracht – een kracht die Lia’s ziel in staat stelt van buitenaf terug te keren en haar broer te bezitten om haar eigen dood te wreken.

Makoto 'Smile' Tsukimoto en zijn vriend Yutaka 'Peco' Hoshino spelen al sinds hun kindertijd samen tafeltennis, maar als ze naar de middelbare school gaan, ontdekken ze dat het spel, en hoe zij het zien, is veranderd. Peco, boordevol zelfvertrouwen en energie, wil de beste ter wereld zijn, maar de gereserveerde Smile heeft weinig vechtlust en wil, ondanks zijn aangeboren talent, het geluk van anderen niet opofferen om te winnen. Terwijl de twee groeien en de ups en downs van de sport – en het leven – ervaren, proberen ze erachter te komen wie ze werkelijk zijn en wat hen drijft om te spelen.