Fuutarou Uesugi is een arme, asociale topstudent die op een dag de rijke transferstudent Itsuki Nakano ontmoet. Ze maken ruzie, maar wanneer Uesugi beseft dat hij haar mentor moet worden, probeert hij betere voorwaarden te krijgen. Terwijl hij dat probeert, ontmoet hij vier andere meisjes.

De mensheid werd van het land verdreven door de dreiging van magische gepantserde insecten en leeft nu in zwevende steden. De verdediging ligt in tovenaars die de insecten met magie in de lucht bevechten. Kanata Age is een jonge man die in de drijvende tovenaarsacademiestad 'Misutogan' woont. Hij werd ooit gevierd als de 'Black Master Swordsman', de elite-aas van het speciale S128-team. Hij wordt nu echter veracht als de 'verrader van het speciale team'. Op een dag wordt hij aangesteld als instructeur van E601, een team dat tien opeenvolgende nederlagen heeft geleden. E601 heeft drie meisjes – Misora ​​Whitale, Lecty Eisenach en Rico Flamel – met een of twee bijzondere eigenaardigheden.

Om zijn moeder te redden, maken een goedhartige jongen en zijn speciale vriendje een reis door het post-apocalyptische Japan. Maar de duistere krachten komen dichterbij.