Twee jaar zijn gepasseerd sinds Edward Elric terecht kwam in het Duitsland van 1921. In die tijd heeft hij veel onderzoek gedaan in de hoop een methode te vinden om terug te kunnen keren naar zijn tijd, helaas zonder resultaat. Wanneer hij hoort dat de Thule Society, die banden heeft met de Nazi partij, achter de locatie van de mystieke andere wereld, "Shambala", is gekomen, krijgt hij opnieuw hoop.

In een meedogenloze oorlog verplettert het Heilige Britse Rijk de Japanse strijdkrachten en verovert het land snel. Als gevolg van deze nederlaag verliest Japan zijn onafhankelijkheid en wordt het de elfde kolonie van de wereldmacht. Van nu af aan worden de Japanners ‘Elevens’ genoemd, opeengepakt in getto’s en ontdaan van alle fundamentele rechten. Maar er is verzet tegen de bezetters: Lelouch, afgewezen door zijn vader, de keizer van het Britse rijk, en gedeporteerd naar Japan, wil de grote macht vernietigen. Met behulp van de bovennatuurlijke kracht van Geass, de kracht van koningen, kan hij iedereen zijn bevel laten gehoorzamen. Voor Lelouch begint een ongelooflijk schaakspel tegen zijn eigen vaderland, waarin de Elfen, de Britse soldaten en de Japanse rebellen de stukken vertegenwoordigen...

Dit nieuwe project werd uitgevoerd om 10 jaar Code Geass-saga te vieren. Het verhaal volgt de plot van de samenvattingsfilms en negeert daarom bepaalde aspecten van de serie die daar niet zijn getranscribeerd. Het verhaal begint een paar maanden na de dood van Lelouch, in een wereld die eindelijk vrede heeft. In ieder geval qua uiterlijk. Tijdens een diplomatiek bezoek aan Zilkistan, een woestijnkoninkrijk, worden Zero en Nunnally plotseling aangevallen en ontvoerd.

We zitten in het jaar 2314, 2 jaar nadat de A-LAWs zijn verslagen. De New Earth Federation heeft vrede proberen te realiseren via de afschaffing van wapens op de planeet. Een lang vergeten ruimteschip dat naar Jupiter was gestuurd 130 jaar geleden komt terug zonder een schijnbaar teken van leven. Maar ondertussen zit er een nieuwe buitenaardse bedreiging aan boord; de Extraterrestrial Living-metal Shapeshifters (ELS). De Celestial Being komt terug om de aarde en de mensheid tegen deze nieuwe dreiging te beschermen.

Net als de Japanse speciale edities van andere Gundam- en Sunrise-animeseries, is dit het laatste van drie delen, waarin de tweede helft van het tweede seizoen van Gundam 00 wordt samengevat in lange video's. Ze bevatten allemaal een aantal nieuwe geanimeerde sequenties en een aantal gedeeltelijk opnieuw opgenomen dialogen.

Net als de Japanse speciale edities van andere Gundam- en Sunrise-animeseries, is dit het tweede van drie delen, waarin de eerste helft van het tweede seizoen van Gundam 00 wordt samengevat in lange video's. Ze bevatten allemaal een aantal nieuwe geanimeerde sequenties en een aantal gedeeltelijk opnieuw opgenomen dialogen.