Het verhaal speelt zich af in het jaar 1937, aan de vooravond van de Tweede Wereldoorlog, en gaat over een mysterieuze spionageopleidingsorganisatie die bekend staat als de 'D Agency'. De organisatie is opgericht door luitenant-kolonel Yuuki van het keizerlijke Japanse leger. Zijn idealen brachten hem ertoe mensen te rekruteren die verder gingen dan alleen afgestudeerden van de militaire academie en personeel, terwijl hij hen opleidde tot bekwame agenten in de kunst van manipulatie. Deze agenten zouden een gespecialiseerd team worden om operaties uit te voeren. Eén van die antiheldenagenten, genaamd Jirou Gamou, gaat op een aangrijpende missie om geheime documenten met de titel 'Black Notes' te ontdekken, terwijl hij strijdt tegen krachten van binnen en buiten zijn eigen gelederen.

Een videogamer ontwikkelt een nieuwe technologie waarmee spelers hun online-avatar kunnen leiden met hun eigen lichaam. Het verhaal krijgt echter een duistere wending.

Ze is een dief. Een moordenaar. Een heilige en een schandaal. Ze is alles wat je nodig hebt om de klus te klaren. Ze is adembenemend om te krijgen wat ze wil. Ze neemt al het andere gewoon omdat ze het kan. Het is allemaal een nachtwerk voor de vrouw die Fujiko Mine heet. Zij is de sluwe, zwoele draad die de bemanning van Lupin III bij elkaar houdt – en dit is de overval waarmee het allemaal begon.

THE IDOLM@STER follows 13 girls from the 765 Production Studio, whose sole goals is to become the top idols in the Japanese entertainment industry. Along with the laughs, struggles and tears that are inherently part of this journey, you will cheer for the girls of IDOLM@STER as they climb their way to the top!