Het verhaal van hiërarchieën op een middelbare school en de manier waarop kinderen hun rol in die strak gecontroleerde sociale structuur zwijgzaam accepteren.

Matsumoto, voorjaar 2015. Tweedejaars hogeschoolstudente Naho ontvangt een brief, die door haar zelf geschreven is tien jaar in de toekomst. De brief beschrijft nauwkeurig wat er die dag op school gebeurt, zoals de introductie van een nieuwe klasgenoot.

De film speelt zich af in een alternatief universum tijdens de Edo-periode. Amanto, buitenaardse wezens, vallen de Aarde aan. Tien jaar lang bevecht de mensheid deze wezens. Het Shogunaat ziet de macht van de wezens en besluit zich over te geven.

In de nacht van 29 december rijdt politierechercheur Yuji Kudo met zijn auto naar zijn moeder, die met een ernstige gezondheidstoestand in het ziekenhuis ligt. Tijdens de autorit krijgt Yuji een telefoontje van zijn baas waarin hij wordt gevraagd naar zijn betrokkenheid bij de oprichting van een doorsluisfonds. Ook hoort hij kort daarna dat zijn moeder al is overleden. Yuji raakt vervolgens per ongeluk een man met zijn auto en die man overlijdt. In het ziekenhuis probeert Yuji de dood van de man die hij aanreed te verdoezelen door zijn lijk in de kist van zijn moeder te leggen. Hij denkt ermee weg te komen, maar dan ontvangt hij via de telefoon een berichtje van iemand die alles heeft gezien.