Koguma is een middelbare schoolmeisje in Yamanashi. Ze heeft geen ouders, vrienden of hobby's en haar dagelijkse leven is leeg. Op een dag krijgt Koguma een gebruikte Honda Super Cub-motorfiets. Dit is de eerste keer dat ze op een motorfiets naar school gaat. Zonder benzine komen te zitten en een omweg maken, worden een kleine bron van avontuur in Koguma's leven. Ze is tevreden met deze vreemde transformatie, maar haar klasgenoot Reiko praat uiteindelijk met haar over hoe ze ook met de motor naar school gaat. One Super Cub begint de wereld van een eenzaam meisje te openen en haar kennis te laten maken met een nieuw dagelijks leven en vriendschap.

In een wereld waar magie geen sprookje is, maar al honderd jaar bestaat, bereiden broers en zussen Tatsuya en Miyuki Shiba zich voor om hun studie te beginnen aan de elite Private Magic University Affiliated High School (kortweg Magic High School). De twee betreden verschillende niveaus van het academische spectrum en veranderen de eens zo vredige campus in een chaotische campus.

Het verhaal draait om Keitarou Gentouga, die het vermogen heeft om een ​​geestenmedium te zijn. Op de middelbare school zorgde hij ervoor dat iemand anders betrokken raakte bij een incident met geesten bezetenheid, en hij zit al meer dan twee jaar opgesloten. Terwijl hij zichzelf opnieuw in de samenleving introduceert als privéleraar, ontmoet hij een geniaal meisje genaamd Yayoi Houzuki. Yayoi kan meteen zien dat Keitarou bekwaam is als geestenmedium, en ze nodigt hem uit om met haar mee te gaan naar een spookachtige locatie. De twee beginnen dan aan hun reis om boze geesten te vangen.

Miyuki Shirogane wordt beschouwd als een genie vanwege de hoogste cijfers van het land en leidt als president de studentenraad van de prestigieuze Shuchiin Academie, samen met de mooie en rijke vice-president Kaguya Shinomiya. De twee worden door studenten vaak beschouwd als het perfecte koppel, ondanks dat ze geen enkele romantische relatie hebben.