Dankzij de speciale vaardigheid die hij ontwikkelde, kon Yuu zich een weg banen naar een zeer prestigieuze middelbare school. Met zijn kracht dacht hij dat niets hem in de weg zou staan, totdat hij een mysterieus meisje ontmoette genaamd Nao Tomori en andere studenten met speciale vaardigheden, net als hij. Het was het begin van een nieuw leven.

Riki was nog een kind toen zijn ouders stierven, waardoor hij hopeloos en depressief achterbleef. Wat hem redde was een groep van vier kinderen die zichzelf de Little Busters noemden. Ze namen Riki mee naar buiten en speelden met hem in tijden van nood. Hij vond het erg leuk om met hen samen te zijn, en zijn verdriet verdween geleidelijk. Nu hij in het tweede jaar van de middelbare school zit, hangen ze nog steeds rond, vechten en leven ze samen, en genieten ze van hun schoolleven.

Wakana Gojo is een middelbare scholier die kashirashi wil worden: een meestervakman die traditionele Japanse Hina-poppen maakt. Hoewel hij enthousiast is over het vak, weet hij niets van de nieuwste trends en vindt hij het moeilijk om bij zijn klas te passen. De populaire kinderen – vooral één meisje, Marin Kitagawa – lijken in een compleet andere wereld te leven. Dat verandert allemaal op een dag, wanneer ze een onverwacht geheim met hem deelt, en hun totaal verschillende werelden met elkaar botsen.