In Kino's Journey reist de hoofdpersoon, Kino, vergezeld van een pratende motorfiets genaamd Hermes, door een mystieke wereld van veel verschillende landen en bossen, elk uniek in zijn gebruiken en mensen. Ze brengt zonder uitzondering slechts drie dagen en twee nachten door in elke stad, vanuit het principe dat drie dagen genoeg tijd is om bijna alles wat belangrijk is over een plaats te leren, terwijl er tijd overblijft om nieuwe landen te verkennen.

Manji is een brutale, gewelddadige samoerai met een speciale vaardigheid: hij kan niet sterven. Vervloekt met onsterfelijkheid door de non Yobikuni als straf voor zijn meedogenloze daden, is hij zijn tijdloze leven beu geworden. De enige manier om de vloek op te heffen is door duizend kwaadaardige mannen te doden. Dus Manji dwaalt door Japan en vergiet het bloed van de goddelozen op zijn zoektocht om uiteindelijk te sterven.

Op een geïsoleerde ijzige planeet die een mooie toekomst belooft, worden gevangenen gedwongen een zeldzame energiebron op te graven die leidt tot een dodelijke ontdekking.

De oorlog is voorbij en Violet Evergarden heeft een baan nodig. Beschadigd en emotieloos gaat ze werken als brievenschrijfster om zichzelf en haar verleden te begrijpen.