Madoka was een normaal meisje dat een gelukkig leven leidde. Aan dit alles kwam een einde toen zij zich opofferde om andere magische meisjes te redden van de uiterst wrede lot dat hen te wachten stond. Niet in staat om haar herinneringen aan Madoka te laten varen, blijft Homura alleen vechten, in de wereld die Madoka achtergelaten heeft, voor de mensheid en om Madoka's glimlach nog een keer zien.

"Memories" bestaat uit drie korte verhalen. De eerste, 'Magnetic Rose', is gebaseerd op de manga Memories - geschreven door Otomo. Hierin reageert een ruimteafvalruimer op een signaal in een gigantisch afvalcluster.

Op Aarde is ruim 95% van de mensheid omgekomen. De overgebleven 5% proberen met behulp van gigantische robots de Aarde (voornamelijk Japan) te verdedigen tegen aanvallen van de gevaarlijke Angels.

In de stad van Mitakihara, stuit Madoka Kaname, samen met haar vriendin Sayaka Miki, op een schepsel genaamd Kyubey en wordt van heksen gered door magical girl Mami Tomoe. Kyubey biedt Madoka en Sayaka de kans om een wens te vervullen in ruil voor het strijden tegen heksen als magical girls.

Wanneer de meiden te waarheid leren achter het bestaan van magical girls, valt de een na de ander weg. Ondanks dit alles, blijft één magical girl doorvechten - Homura Akemi.

Het plot volgt voor een groot deel de eerste zes afleveringen van de originele Evangelion serie. Shinji Ikari komt aan in Tokyo-3. Hij komt midden in een gevecht tussen de U.N. Army en de Fourth Angel (Thrid in de originele serie). Zijn vader Gendo, Surpreme Commander van NERV, wil dat hij Evangelion Unit-01 gaat besturen omdat de originele piloot te erg gewond is na zijn gevecht.

De film gaat verder waar Evangelion 1.0 stopte: de paramilitaire organisatie NERV verdedigt de wereld tegen de terugkeer van de Angels, maar de voortdurende oorlog begint zijn tol te heffen. Shinji Ikari's relatief plezierige leventje krijgt een wending als een nieuwe groep Evangelion pilots, waarbij de roodharige Asuka Langley Shikinami, hem en Rei Ayanami komen bijstaan.

Na een val in de badkamer van Dr. Agasa lijkt Conan zijn geheugen te hebben verloren. Hij herinnert zich niets, zelfs niets van zijn familie of van zijn werk als detective. Als de criminelen dit beseffen, kan de stad Tokio in gevaar zijn.

Lupin wordt beschuldigd van de moord op inspecteur Zenigata door een mysterieuze aanvaller die een zilverkleurig Walther P38-pistool vasthoudt dat Lupin zelf ooit bezat. Het opsporen van de ware moordenaar leidt Lupos naar het eiland van de bloeddorstige Tarantula-moordenaars in de Duivelse Driehoek. Nadat Lupos en zijn bende zich tegen hun wil bij het met spinnen getatoeëerde leger hebben aangesloten, maken ze zowel nieuwe vrienden als vijanden. Ze zijn niet alleen van plan de enorme goudopslagplaats van de Tarantula's voor zichzelf mee naar huis te nemen, maar gaan ook op jacht naar de schutter uit Lupins verleden. Kan Lupos deze demon die door zijn herinneringen spookt met de Walther P38 tot rust brengen?

De laatste Captain Tsubasa-film gaat over de wedstrijd tussen Japan en Nederland. Nadat het Japanse team twee wedstrijden heeft verloren van deze schijnbaar oppermachtige tegenstander, staat hun vertrouwen op het laagste punt en zelfs Hyuga, die een geblesseerd been heeft, is wanhopig. Zo doet het management er alles aan om Wakabayashi (woonachtig in Duitsland) en Tsubasa (woonachtig in Brazilië) ervan te overtuigen naar Nederland te komen en hen te helpen, maar beiden willen niet. Pas in de tweede helft van de derde game verschijnt Tsubasa en voegt zich bij het team, waardoor ze hun vertrouwen en kracht terugkrijgen. Met Tsubasa Ozora opnieuw als aanvoerder eindigt de laatste wedstrijd 11:1 voor Japan.