Tegenwoordig verkeert de wereld in rep en roer als gevolg van een 'ongekende ramp'. Een jonge man uit Tokio, Suzushirō, heeft een geheim dat hij aan niemand kan vertellen. Dat geheim is dat hij ondanks zijn gedachten de tijd om hem heen kan stilzetten. Op een dag ontmoet hij een meisje genaamd Nazuna, die dezelfde 'kracht' heeft. Als hij hoort dat ze bij een misdaad wordt gebruikt, probeert hij haar impulsief te helpen.

Maquia stopt, net zoals de gemeenschap waarin ze leeft, met ouder worden vanaf de puberteit waardoor ze honderden jaren oud kan worden. Ondanks dat het een warme omgeving is op een afgelegen eiland voelt Maquia zich eenzaam.

The First Slam Dunk volgt de scholier Ryota Miyagi, de pointguard van het basketbalteam van Shohoku High. Ryota speelt verstandig en snel, en met geveinsde kalmte probeert hij zijn tegenstanders te slim af te zijn. Geboren en getogen in Okinawa, treedt Ryota in de voetsporen van zijn oudere broer, Sota, die al vanaf jonge leeftijd een geliefde lokale basketbalspeler was, waardoor Ryota ook verslaafd raakte aan basketbal. Na het overlijden van Sota, wordt Ryota gemotiveerd om altijd door te zetten. Ryota en zijn teamgenoten Hanamichi Sakuragi, Takenori Akagi, Hisashi Mitsui, en Kaede Rukawa dagen hun gedoodverfde tegenstander, de Sannoh School, uit in de basketbalfinale tussen middelbare scholen.

De nieuwe vijanden, Nahane en Ohanefu, verschijnen samen met de mysterieuze nieuwe gigantische monsterlijke wezens vanuit de ruimte om de aarde over te nemen! De sleutel tot deze evenementen is Shinkalion ALFA-X, dat in het geheim werd ontwikkeld door het Ultra Evolution Institute...!? Voor Hayato en Team Shinkalion, die in vrede leefden, begint de strijd opnieuw.

All Might en Deku accepteren een uitnodiging om naar het buitenland te gaan naar een drijvende en mobiele, door de mens gemaakte stad, genaamd 'I-Island', waar ze onderzoek doen naar eigenaardigheden en aanvullende heldenitems op de speciale 'I-Expo'-conventie die momenteel wordt gehouden op het eiland. Gedurende die tijd wordt het systeem plotseling, ondanks een ijzeren veiligheidsmuur rondom het eiland, doorbroken door een slechterik, en de enigen die hem kunnen tegenhouden zijn de studenten van klas 1-A.