Cyborg 009 en zijn team worden herenigd om de nieuwste dreiging van de Black Ghost te bestrijden. Voordat ze hun vijand kunnen verslaan, moet het team een ​​leger monsters overwinnen dat is gestuurd om hen tegen te houden, waaronder gigantische kwallen, pijlstaartroggen, plesiosauriërs en verraderlijke cyborgs.

De film is gewijd aan de zielen van afgestudeerden van de vliegschool die zijn gedood in de Tweede Wereldoorlog. Jonge jongens dromen ervan om piloten te worden en zich aan te melden op vliegscholen. De vliegscholen hebben echter extreem veeleisende, harde training, en zodra ze eindelijk piloten worden, moeten ze zelfmoordterroristen worden en hun leven geven voor hun thuisland.

Suzunosuke wordt geconfronteerd met misschien wel zijn wildste vijanden. Deze kwaadaardige bende wordt geleid door een eenogige vogelman en andere demonische wezens.

Terwijl Japan een politiek pact sluit met nazi-Duitsland en het fascistische Italië, wordt admiraal Isoroku Yamamoto benoemd tot opperbevelhebber van de Japanse vloot. Nu Japan onverbiddelijk op oorlog afstevent, gelooft Yamamoto, ondanks zijn twijfels, dat de enige mogelijke overwinning ligt in het bij verrassing vernietigen van de Amerikaanse vloot bij Pearl Harbor. De aanval slaagt, maar slaagt er niet in de Amerikaanse vliegdekschepen tot zinken te brengen. Yamamoto moet dus de Japanse marine de oorlog in leiden, met een steeds kleiner wordende kans op succes.