Na een kernoorlog is de aarde niets anders dan een gigantische woestijn. Voor de overlevenden betekent elke dag een wrede strijd om de weinige overgebleven waterbronnen. Deze worden gecontroleerd door de tiran Sanga en zijn huurlingen, die de bevolking met bruut geweld uitbuiten. Maar op een dag verschijnt er een vreemdeling aan de horizon en kiest de kant van de zwakken! Zijn naam is Kenshiro - De vuist van de poolster!

Charmanders stem roept vanuit de duisternis of het goed gaat met Squirtle. De slapende jongen wordt wakker en kan zichzelf niet geloven als hij een pratende Charmander ziet. Charmander wijst er vervolgens op dat hij ook een Pokémon is. De jongen kijkt naar zijn spiegelbeeld bij een rivier naast hem en ziet dat het waar is! Hij is in een Squirtle veranderd en kan zich helemaal niet herinneren hoe dit was gebeurd.

Ash en zijn vrienden zijn uitgenodigd op een groot festival, waar gevierd wordt dat lang geleden held Sir Aaron en zijn Pokémon Lucario de wereld hebben gered van de ondergang door gebruik te maken van de krachten van een Magische Boom. Ash en Pikachu winnen de Pokémon wedstrijd, krijgen de titel 'Beschermer van Aura' en mogen de staf van Sir Aaron voor een avond vasthouden. De staf waarvan men denkt dat de verdwenen Pokémon Lucario er al jaren in gevangen zit. Maar de feestvreugde is snel voorbij als de mysterieuze Pokemon Mew opduikt en Pikachu meeneemt. Op datzelfde moment weet Lucario uit de staf van Sir Aaron te ontsnappen. Met hulp van Lucario gaat Ash op zoek naar de Magische Boom en de legendarische Pokémon Mew. De toekomst van de wereld hangt nu af van de hechte vriendschap tussen mensen en Pokémons.

Ash gaat verder met zijn opdracht om 's werelds grootste Pokémon trainer te worden, samen met zijn beste vriend Pikachu. Tijdens hun reis vinden ze het ei van Manaphy, en zijn beschermer, Pokémon Ranger Jack "Jackie" Walker. Jackie's missie is om het ei te beschermen voor de Phantom Pirate. Ash en zijn vrienden helpen hem daarbij, en proberen het ei terug te brengen naar de Sea Temple.

Een Pokémon-wetenschapper die een nieuw Mirage-systeem heeft ontwikkeld om uitgestorven Pokémon weer tot leven te wekken. Satoshi, Haruka, Masato en Takeshi verschijnen in het Mirage Mansion voor een demonstratie van deze nieuwe machine, maar zijn getuige van de ontvoering van de wetenschapper! Dan verschijnt er een mysterieuze vreemdeling die beweert dat de machine daadwerkelijk Pokémon kan maken zonder zwakke punten. Het is aan Satoshi en zijn bedrijf om het natuurlijke evenwicht van de Pokémon-wereld te behouden.

Fujiko Mine, de verwoestende femme fatale wiens enige loyaliteit ligt bij haar verlangen, raakt bevriend met een jonge jongen wiens overleden vader een fortuin heeft verborgen. Een moordenaar zit de jongen op het spoor en het is aan Fujiko om hem tegen te houden: maar waar liggen haar interesses eigenlijk?

Sophie is achttien en werkt zich te pletter in de hoedenwinkel die haar vader ooit bezat. Op een uitje naar de stad loopt Sophie de mysterieuze tovenaar Howl tegen het lijf.