Het is het jaar 2307 na Christus. Hoewel de fossiele brandstoffen zijn opgebruikt, heeft de mensheid een nieuwe energiebron gevonden om deze te vervangen, in de vorm van een grootschalig systeem voor de opwekking van zonne-energie, gebaseerd op drie enorme orbitale liften. De voordelen van dit systeem zijn echter slechts beschikbaar voor een handvol grootmachten en hun bondgenoten. In deze wereld van eindeloze conflicten verschijnt er een particuliere gewapende organisatie, die zich inzet voor de uitroeiing van oorlog door middel van gewapend geweld. De naam is Celestial Being en hij is in het bezit van 'Gundam' mobiele pakken.

Yui is een meisje dat net naar de middelbare school is gegaan en wier droom het is om lid te worden van een club, hoewel ze niet weet welke. Mio en Ritsu zijn twee jeugdvrienden die samen op school aankomen en besluiten lid te worden van de Pop Music Club, tenminste dat is wat Ritsu wil en daarmee sleept hij Mio tegen haar wil mee. De club heeft al haar leden verloren en alleen de twee blijven over als nieuwe leden. Als ze binnen tien dagen geen twee leden meer krijgen, wordt de club gesloten. Fortune zorgt ervoor dat een meisje dat op zoek was naar een andere club zich bij hen voegt en de vierde die lid wordt van de club zal Yui zijn. Het punt is dat Yui geen idee heeft van het bespelen van instrumenten, in tegenstelling tot haar 3 klasgenoten, dus zal ze helemaal opnieuw beginnen en met groot enthousiasme gitaar spelen, zodat ze samen kunnen spelen zoals God het bedoeld heeft.

Meisjes van over de hele wereld komen samen op de IS Academie om te leren hoe ze IS-piloot kunnen worden. Omdat Ichika echter op de een of andere manier IS kan besturen, ook al is hij een man, werd hij gedwongen om als enige man op deze school naar de IS Academie te gaan.

Oreki Houtarou is een minimalistische middelbare scholier. Op een dag wordt hij op verzoek van zijn oudere zus lid van de Classic Literature Club. Daar ontmoet hij Chitanda Eru, Fukube Satoshi en Ibara Mayaka. Chitanda is een kalm, mooi meisje, maar ze verandert in een belichaming van nieuwsgierigheid zodra ze zegt: 'Ik ben nieuwsgierig.' Fukube is een glimlachende jongen met een fantastisch geheugen die zichzelf een database noemt. Ibara is een klein meisje en is streng tegenover anderen en zichzelf. Ze beginnen een zaak te onderzoeken die 45 jaar geleden heeft plaatsgevonden. Hints van het mysterie zijn begraven in een oude collectie werken van de voormalige leden van Classics Club. De collectie is getiteld 'Hyouka.'

Yuichi heeft zijn neef Nayuki al jaren niet meer gezien. Nu hij terug is, is alle kennis van zijn bezoeken verdwenen. Hij probeert zich aan te passen aan de vaag vertrouwde omgeving, maar de gaten in zijn geheugen achtervolgen hem naarmate de tijd dringt. De stukjes van de puzzel zijn verschenen – een griezelig stille schoonheid met vlammende lokken, het mysterieuze meisje met de gevleugelde rugzak en de zwaard zwaaiende demonen doder – maar het is aan Yuichi om te ontdekken hoe ze in elkaar passen.

Ik dacht dat toen ik naar de middelbare school ging, mijn dagen waarin ik in buitenaardse wezens, tijdreizigers en ESP-ers geloofde, voorbij zouden zijn. Dat wil zeggen, totdat ze zichzelf voorstelde. Haruhi Suzumiya beweert alleen geïnteresseerd te zijn in buitenaardse wezens, tijdreizigers en ESP-ers en was het vreemdste meisje dat ik in lange tijd heb ontmoet... Voordat ik wist wat er aan de hand was, werd ik meegesleurd in haar rare club, en het het lijkt erop dat ik niet de enige ben die is opgeroepen voor deze 'SOS Brigade' van haar, want er zijn nog drie andere studenten die zelf niet zo gewoon lijken.