Masane Amaha en haar dochter Rihoko zijn op de vlucht voor een kinderbeschermingsorganisatie van de overheid die Rihoko wil afpakken van haar moeder. Ze worden gepakt en Rihoko wordt meegenomen. Ondertussen wordt Masane aangevallen door een geavanceerd wapen dat zichzelf als mens kan vermommen. Wanneer ze met het gevaar wordt geconfronteerd, komt er een vreemd licht uit haar pols en verandert ze in een krachtig wezen. Ze raakt verwikkeld in een machtsstrijd tussen machtige organisaties, waarbij zij in het middelpunt van hun aandacht staat omdat zij de grootste macht van allemaal bezit: de legendarische Witchblade.

Een dodelijk virus bekend als 'Algernon' heeft de mensheid aangevallen. In de voorhoede van de strijd staat de mysterieuze Akamatsu Industries, deze undercoverorganisatie gebruikt verbeterde wapens, bekend als NeuroNoids, om tegen Algernon te vechten. Ook helpt de mysterieuze mutant die bekend staat als 'Betterman' bij hun geheime inspanningen.

Een politiek huwelijk tussen prinses Rita van het koninkrijk Wellber en prins Gernia van het naburige rijk Sangatras is bedoeld om een ​​nieuw uitbreken van oorlog tussen de twee landen te voorkomen. Omdat de huwelijksplannen drastisch mislukken, wordt prinses Rita gedwongen op zoek te gaan naar een andere manier om oorlog in het verre Greedom te voorkomen. De dief Tina, die ze ontmoet tijdens haar ontsnapping, vergezelt haar voortaan, maar heeft haar eigen redenen om naar Greedom te reizen.

Pestkoppen richten zich vaak op iemand die zwak is – iemand die precies op Yûgi Muto lijkt. Hij koestert zijn Millenniumpuzzel, een oud Egyptisch artefact dat naar de spelwinkel van zijn grootvader werd gebracht. In de overtuiging dat het oplossen van de puzzel hem zijn wens zal vervullen, voltooit hij de puzzel en laat hij een nieuwe persoonlijkheid in hem los, de ziel van de 'King of Games'. De nieuwe persoonlijkheid genaamd Yami Yûgi is precies het tegenovergestelde van Yûgi. Bij enig onrecht jegens hem neemt Yami Yûgi het lichaam van Yûgi over en dwingt de tegenstander tot een 'Schaduwspel'.