In een wereld waar de goden uit de hemel zijn neergedaald, ligt de stad Orario met de Dungeon, die een assortiment monsters bevat, van goblins tot draken. Avonturiers doden die monsters en nemen hun scherven, die vervolgens worden gebruikt om magische voorwerpen te maken. Om een ​​avonturier te worden, sluiten mensen zich aan bij groepen genaamd Familia. Elk daarvan is vernoemd naar en dient een plaatselijke godheid. De avonturiers en hun eigenschappen en vaardigheden worden gerangschikt op niveau, verbeterd door ervaring en onder toezicht van de godheid van hun Familia. Bell Cranel, een beginnende avonturier, is het enige lid van de Familia onder de godin Hestia. Nadat hij is gered door topavonturier Ais Wallenstein van de Loki Familia, wordt hij verliefd op haar en besluit hij zich te verbeteren en haar aandacht waardig te worden. Terwijl hij zich er meestal niet van bewust is dat andere meisjes, goden en stervelingen ook gevoelens voor hem ontwikkelen. Vooral Hestia zelf.

Na de incidenten waarbij Heath Oslo betrokken was, is het bestaan ​​van de Japans-Amerikaanse terrorismebestrijdingsorganisatie, bekend als CIRS, nu algemeen bekend. CIRS werd van de grond af aan opnieuw opgebouwd en de meer verborgen functies ervan werden overgedragen aan een nieuw agentschap: SORD (Social Ops, Research & Development). Het belangrijkste doel van SORD is om een ​​nieuwe generatie spionnen op te leiden om het land te verdedigen tegen toekomstige bedreigingen. Om haar doelen te bereiken heeft de organisatie veel scholen in het land gebouwd. De Mihama Academie, verlaten na de plotselinge sluiting, is een gespecialiseerde opleidingsschool geworden. Deze nieuwe Mihama Academy biedt dus onderdak aan verschillende groepen studenten die elke dag hard werken om hun vaardigheden te verbeteren. Deze studenten brengen hun eigen veiligheid in gevaar door zich te verdiepen in verschillende buitengerechtelijke missies, allemaal voor het welzijn van het land.

Hatogaya Kohane wordt aan het einde van de middelbare school verliefd op cheerleading en begint op de middelbare school een cheerleadingclub met Arima Hizume en Saruwatari Uki. De positieve, hardwerkende meiden zullen je zeker opvrolijken!

Amami Hibiki is een nieuwe middelbare scholier, maar ze wordt al snel bekend bij iedereen op haar school. Een meisje dat herhaaldelijk in de lucht praat, niet-bestaande dingen vermijdt en zich anderszins heel vreemd gedraagt, valt op, ook al zijn Hibiki's klasgenoten er snel mee in het reine. De reden voor haar bizarre gedrag is dat ze geesten kan zien en ermee kan communiceren. Maar wat voor de meeste anderen pure horror zou zijn, is voor Hibiki gewoon een deel van haar leven waar ze gemakkelijk en enigszins naïef mee omgaat, ongeacht in welke vreemde situaties ze keer op keer terechtkomt.

Het verhaal speelt zich af op aarde, in een toekomst waarin enkele mysterieuze reuzen, bekend als 'Huge', vernietiging en angst hebben gebracht. De hele wereld verenigt zich tegen de dreiging van de reuzen en creëert speciale wapens genaamd 'CHARM' (Counter Huge Arms), gecreëerd dankzij de unie van wetenschap en magie. Deze wapens blijken bijzonder geschikt voor tienermeisjes genaamd 'Lilies'. Overal ter wereld worden lelies getraind in speciale kampen genaamd 'Gardens', om de mensheid te beschermen.