Het evenwicht van de werelden wordt in stand gehouden door helden. Plots valt een gloeiend hete meteoor op een van deze werelden, genaamd Neo World. Een aan geheugenverlies lijdende jongere genaamd Wukong Impulse Gundam verschijnt op het punt waar hij landde. De chaos die met dit incident begint, verspreidt zich de een na de ander over de andere werelden. Tegelijkertijd leert Zhuge Liang Freedom Gundam via astrologie over een naderende ramp. Hij en zijn gezworen vriend Liu Bei Unicorn Gundam ondernemen actie om de werelden van deze crisis te redden en beginnen samen met Wukong aan een reis. Nu begint een nieuw verhaal over helden!

U.C.0079, elf maanden na het begin van de Eénjarige Oorlog. Zaku II-piloot kapitein Solari bestrijdt het nieuwe dodelijke wapen van de Aarde-federatie: de Mobile Suit-Gundam.