Dr. Lily McKee (Annabella Sciorra) ontdekt dat de Fletcher komeet twee grote meteorieten uit zijn baan heeft gerschoten die nu recht op de aarde afkomen. Samen met Jack Wallach (Michael Biehn) van de rampenbestrijding gaat ze het gevecht aan met het op hun afkomende gevaar. De eerste meteoriet - Helios - komt neer op een stuwdam bij Kansas in Midden-Amerika waardoor een grote overstroming ontstaat. Van de tweede - Eros - doe veel groter is, is nog niet bekend waar hij neer zal komen, maar zeker is dat hij met de kracht van duizend atoombommen dood en verderf zal zaaien bij miljoenen mensen.

Bartok, de kleine albino-vleermuis en de ex-sidekick van de gemene Rasputin, wordt op pad gestuurd om Prince Ivan, de Russische troonopvolger te redden. Eerst moet Bartok echter afrekenen met de gemene Ludmilla, de de troon liefst voor zichzelf wil houden.