In de negentiende eeuw, wanneer de laatste gevechten tussen de samurai en de shoguns gevochten worden, keren twee vrienden terug naar hun geboortedorp om daar hun familieleven weer op te nemen.

In 1907 beklimt een groep mannen een onoverwonnen top in het laatste nog niet in kaart gebrachte gebied van Japan.

Kenshin Himura gaat de strijd aan met de kwaadaardige Makoto Shishio. Makoto Shishio werkte vroeger voor de Meiji-regering maar wil deze nu ten val brengen. Kenshin Himura pakt het zwaard dat hij zwoer nooit meer te trekken. Hiermee bepaalt hij het lot van het hele land.

Aokigahara, ook wel het zelfmoordbos genoemd, is een bos dat ligt aan de voet van de berg Fuji in Japan. Het wordt zo genoemd omdat er in Aokigahara veel zelfmoorden worden gepleegd. De jonge Amerikaanse Sara zoekt haar tweelingzus, die op mysterieuze wijze is verdwenen in het bos. Ze krijgt het advies om op het pad te blijven en niet af te dwalen.

Twee historische incidenten die de vriendschap tussen Japan en Turkije hebben verdiept, worden met elkaar verbonden in dit verhaal van vriendschap en mededogen: In de nacht van 16 september 1890 raakt het Turkse fregat Ertuğrul verwikkeld in een tyfoon en zinkt voor de Japanse kust. Met gevaar voor eigen leven kunnen lokale dorpelingen 69 Turkse matrozen redden. Hoewel ze erg arm zijn en nauwelijks te eten hebben, delen de dorpelingen het weinige dat ze hebben met vreemden uit een land 9.000 kilometer verderop. 95 jaar later, tijdens de oorlog tussen Iran en Irak, zijn ruim 300 Japanners gestrand in Teheran. In de ochtend van 19 maart 1985 stijgt een vliegtuig van Turkish Airlines op naar Teheran om de Japanners te evacueren. Maar de overgebleven Turken op Teheran Mehrabad Airport moeten er nog steeds van overtuigd worden dat ze niet aan boord van de reddingsvlucht van hun eigen land zullen kunnen komen.

Nadat Kenshin Himura op Shishio's slagschip overboord sprong om zijn minnares te redden, komt hij bij zijn herstel oog in oog met Seijuro. Seijuro heeft hem toen hij klein was leren vechten. Kenshin realiseert zich dat hij de schurkachtige Shishio niet kan verslaan en wil daarom dat zijn meester hem een ultieme techniek leert. Kenshin zal moeten leren hoe hij zijn innerlijke kracht kan ontgrendelen voor zijn eindstrijd met Shishio.

De ooit bekroonde auteur Ryota verspilt het geld dat hij verdient als privédetective aan gokken en kan nauwelijks zijn kinderalimentatie betalen. Na de dood van zijn vader lijken zijn bejaarde moeder en mooie ex-vrouw door te gaan met hun leven. Als hij opnieuw contact probeert te krijgen met zijn aanvankelijk wantrouwende familie, strijdt Ryota om de controle over zijn leven terug te krijgen en iets te betekenen in het leven van zijn zoon. Totdat hij op een stormachtige zomeravond de kans krijgt om de band werkelijk te versterken.

Een maagdelijke jongen reist met drie hoeren naar een klein eiland om de aangespoelde en door de zon gebleekte botten van zijn vervreemde vader op te halen.

Nadat Nanase's vader dood neervalt als gevolg van een medicijn dat twee dagen lang een tijdelijke dood veroorzaakt, wordt ze benoemd tot president van zijn farmaceutische bedrijf. Nanase probeert te voorkomen dat de vijanden van haar vader zijn lichaam voortijdig cremeren voordat de drug uitgewerkt kan zijn en hem weer tot leven kan wekken.