Jane Tennant, de eerste vrouwelijke speciaal agent die verantwoordelijk is voor NCIS Pearl Harbor, en haar niet-aflatende team van specialisten balanceren plichten jegens familie en land terwijl ze misdaden met hoge inzet onderzoeken waarbij militair personeel, de nationale veiligheid en de mysteries van het zonovergoten paradijselijke eiland zelf betrokken zijn

Thomas Magnum, een voormalig Navy SEAL die, bij zijn terugkeer uit Afghanistan, zijn militaire vaardigheden hergebruikt om een privé-detective te worden op Hawaii, die niemand anders zal aannemen met behulp van collega-veteranen T.C. Calvin en Rick Wright en de voormalige MI:6 agent Higgins.