Nadat een meteoor de aarde heeft getroffen, hebben verraderlijke troepen (in alle opzichten) de macht overgenomen en lijden de mensen. In de chaos krijgt een jongen genaamd Tetsuro Daiba, die zijn ouders had verloren bij de meteoorinslag, bezoek van Mello, een mysterieuze vrouw die in een helder licht verschijnt. Als Daiba bijkomt, bevindt hij zich in een ruimteschipziekenhuis onder observatie. Hij steelt een gevechtsvliegtuig waarvan hij niet wist hoe hij het moest besturen (totdat hij het probeerde), hij breekt uit en vliegt als een echte professional.

Hoewel ze pas zestien is en er nog jonger uitziet, is Misao Makimachi al een bekwaam lid van de Oniwabanshu-ninja clan. Dat is een geluk voor Misao, want haar onimitsu talenten zijn misschien wel het enige dat haar in leven houdt wanneer ze op zoek gaat naar de leider van de clan, Aoshi Shinomori, heeft ze ontmoeting met een nog gevaarlijkere man die een complot plant om de Meiji-regering omver te werpen! Misao raakt snel verstrikt in de zaken van de legendarische moordenaar Hitokiri Battosai, nu bekend als Kenshin Himura, die het zwaard met het omgekeerde mes hanteert, en raakt midden in een dodelijke intrige tegen Makoto Shishio, die de verovering van heel Japan orkestreert. te beginnen met Kyoto!

Shishio's plan wordt uitgevoerd terwijl Kenshin en Misao de stad helpen verdedigen.