Logan en Victor zijn broers en tevens mutanten met bijzondere gaven. Nadat ze als soldaten worden gearresteerd, vraagt kolonel William Stryker het tweetal voor een bijzondere opdracht met een speciaal team van mutanten. Ze besluiten het te doen, maar op een gegeven moment stapt Logan op, om een vredig leven te starten. Als Logan een aantal jaren later echter wordt geconfronteerd met zijn gewelddadige broer Victor, besluit hij opnieuw met Stryker in zee te gaan. Stryker maakt van hem een uitzonderlijke mutant, sterk genoeg om Victor te verslaan. Wolverine is geboren.

De film vertelt het waargebeurde verhaal van Mary Mapes en Dan Rather, journalisten van CBS News, die de ontdekking doen over nieuws dat de president speciaal zou zijn behandeld tijdens zijn tijd bij de Air National Guard in de oorlog van Vietnam. Wanneer deze berichtgeving zich tegen hen keert, betekent dit het einde van de carrière van Dan.

Tess en Ben Finnagan zijn een getrouwd koppel dat hun geld verdient met het zoeken naar schatten. Helaas hebben ze al jaren niets meer gevonden en zitten ze dus ook aan de rand van bankroet. Als gevolg daarvan loopt hun huwelijk ook niet bepaald soepel meer en ze besluiten een scheiding aan te vragen.

Kayla en haar beste vriendin Maddie worden gekidnapt door een sinistere aanwezigheid. Maddie wordt wakker, gedesoriënteerd ergens in een bos zonder een spoor van Maddie. Op zoek naar Maddie ontmoet zij een eveneens ontvoerd meisje dat op de vlucht is en het duurt dan ook niet lang voordat de meiden een gemaskerde man zien staan, gewapend met een bijl. Vanaf dat moment beseft ook Kayla dat er gevaar dreigt.

De bemanning van het kolonieschip Covenant is op weg naar een verre planeet aan de andere kant van de Melkweg. Ze ontdekken daar, wat zij denken, een onbekend paradijs, maar wat eigenlijk een duistere gevaarlijke wereld is. De enige bewoner blijkt de 'synthetische' David (Michael Fassbender) te zijn, een overlevende van de gedoemde Prometheus expeditie.