Door een vreemde kracht wijkt de maan van zijn baan rond de aarde af en stevenen ze op elkaar af. Met maar een paar weken te gaan voor de vernietiging van de wereld denkt de voormalig astronaute Jo Fowler de oplossing gevonden te hebben. Ze wordt echter enkel geloofd door de astronaut Brian Harper en de samenzweringstheoreticus K.C. Houseman. Samen beginnen ze een laatste en ultieme missie in de ruimte om de wereld te redden.

De computerhacker Neo komt er achter dat het leven op aarde niets meer is dan een computersimulatie, opgezet door machines om de mensheid in bedwang te houden. Hij wordt door enkele vrijheidsstrijders uit deze "Matrix" gehaald.