In dit tijdperk heeft de mensheid zich ontwikkeld tot twee ondersoorten: Naturals, die op aarde verblijven, en Coördinatoren, genetisch verbeterde mensen die in staat zijn de ontberingen van de ruimte te weerstaan ​​en die orbitale kolonies bewonen. Het verhaal draait om een ​​jonge coördinator Kira Yamato die betrokken raakt bij de oorlog tussen de twee rassen nadat een neutrale ruimtekolonie is binnengevallen door de coördinatoren.