17 jaar geleden, verschenen voor het eerst onsterfelijken op de slagvelden van Afrika. Later begonnen, zeldzame, onbekende nieuwe onsterfelijke levensvormen te verschijnen onder de mensen, en ze werden bekend als "Ajin" (demi-mensen). Net voor de zomervakantie, is een Japanse middelbare school student op slag dood bij een verkeersongeval op weg van school naar huis. Hij is echter opnieuw leven ingeblazen, en er werd een prijs op zijn hoofd geplaatst. Zo begint het leven van een jongen op de vlucht voor de hele mensheid.

Makoto 'Smile' Tsukimoto en zijn vriend Yutaka 'Peco' Hoshino spelen al sinds hun kindertijd samen tafeltennis, maar als ze naar de middelbare school gaan, ontdekken ze dat het spel, en hoe zij het zien, is veranderd. Peco, boordevol zelfvertrouwen en energie, wil de beste ter wereld zijn, maar de gereserveerde Smile heeft weinig vechtlust en wil, ondanks zijn aangeboren talent, het geluk van anderen niet opofferen om te winnen. Terwijl de twee groeien en de ups en downs van de sport – en het leven – ervaren, proberen ze erachter te komen wie ze werkelijk zijn en wat hen drijft om te spelen.