Twee Maleisische zussen, Rohani en Rohana, lopen weg van huis om te ontsnappen aan de mishandeling van hun rijke vader. Ze vinden onderdak in een klein stadje waar ze Brian Goh leren kennen, een jonge katholieke onderwijzer. Brian voelt zich onweerstaanbaar aangetrokken tot de twee meisjes. Onder de indruk van hun buitengewone moed ondanks tegenspoed, dwingt hun relatie hem om de geesten uit zijn eigen jeugd te confronteren. Regisseur Yasmin Ahmad onderzoekt de mogelijkheden van emotionele overleving nadat ze getraumatiseerd is door dierbaren. Door de omzwervingen van drie verloren zielen die samenwerken en elkaar troosten, viert Muallaf vriendschap, vergeving en het in het reine komen met het verleden.

Een film over de jonge Sidi, die op de middelbare school zit en zijn vader Adman, die beiden moeten omgaan met de plotselinge afwezigheid van de moeder en echtgenote. Daarnaast een verhaal over een jonge vrouw, die terugkeert naar de grensstad Johor Bahru (Maleisië) om foto's te maken van de wijk waar zij haar jeugd heeft doorgebracht.