Kenshin Himura is een legendarische zwaardvechter. Hij is gestopt met het doden door middel van het zwaard. Hij probeert een vredig leven te leiden met Kaoru Kamiya die in het dorp een zwaardvechtersschool runt. Maar de zaken veranderen als het Akabeko restaurant, waar Kenshin Himura het liefst gaat eten, wordt verwoest. Kenshin Himura vindt daar een briefje waarop geschreven staat "Junchu".