Een mysterieus octopusachtig wezen verwoest 70 procent van de maan. Het wezen eist dat het aan de derde klas E van de Kunugigaoka Junior High School mag lesgeven, anders zal het de aarde ook verwoesten.

Toen Edward Elric en zijn jongere broer Alphonse klein waren overleed hun moeder. De broers proberen hun moeder te doen herleven en een menselijke transmutatie uit te voeren die taboe is in alchemie.

In 2012 doen Atsuya en twee jeugdvrienden iets slecht en verstoppen zich in een oude winkel. Ze besluiten om daar te blijven tot de ochtend. Laat in de nacht vindt Atsuya een brief in de brievenbus.

Ryoichi Yoshimori is een universiteitsstudent. Zijn vriendin, Kyoko Sawada, is een paar jaar ouder, maar het maakt het paar niet uit, want ze zijn erg verliefd. Nadat Ryoichi Kyoko een aanzoek heeft gedaan, verdwijnt ze plotseling. Enkele dagen later komt Kyoko weer tevoorschijn, maar beweert geen herinnering aan hem te hebben. Met de hulp van een klasgenoot/advocaat Chiaki Takaharu en zijn jeugdvriend Maki Kawai probeert Ryoichi het mysterie te ontrafelen dat mogelijk verband houdt met de geruchten over een geheugenwissend individu dat bekend staat als Kiokuya.

In deze sequel op de eerste speelfilm ontmoeten de Elric-broers hun sterkste tegenstander tot nu toe: een eenzame seriemoordenaar met een groot litteken op zijn voorhoofd.

De lange reis van de gebroeders Elric eindigt in deze epische slotaflevering waarin ze het moeten opnemen tegen een onaardse dreiging in het hele land.

Een oplichter en haar losbandige broer krijgen een enorme hoeveelheid geld in handen, maar met hun onrechtmatig verkregen winsten zijn ze een enorm doelwit.