Sonic en zijn vrienden werken samen met de 12-jarige Christopher om alle Chaos Emeralds te verzamelen en de kwaadaardige Dr. Eggman te verslaan.

Na twee en een half jaar keert Naruto eindelijk terug naar zijn dorp Konoha, en begint hij zijn ambities waar te maken. Het zal echter niet gemakkelijk zijn, aangezien hij nog een paar gevaarlijke vijanden heeft, zoals de Shinobi-organisatie; Akatsuki.

Asakura Yoh is een sjamaan, een persoon die met geesten communiceert. Hij doet mee aan het sjamanengevecht, want degene die het toernooi wint, mag communiceren met de Grote Geest, God. . . dat en zijn verloofde Anna wil de vrouw worden van de Sjamanenkoning. Zijn vrienden Manta, Horo Horo, Ryu en zijn samurai-spookpartner, Amidamaru, helpen hem.

De verhalen van drie jonge ninja's, Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha en Sakura Haruno, terwijl ze getraind worden tot echte ninja's.