Edison “Dico” Arantes do Nascimento groeit op in de gevaarlijke favela's van Brazilië, omgeven door een liefdevolle familie, maar meer ook niet. Zijn enige passie is voetbal, iets dat hem wordt verboden door zijn moeder.

In de jaren veertig wordt Shaggy in de afgelegen wildernis van Brazilië door een bandiet opgevoed tot een gevreesde moordenaar. Hij belandt in een oorlog tussen schurken, een hebzuchtige landeigenaar en een soldaat die uit is op wraak.

Blu is een zeldzame hyacinthara die denkt dat hij de laatste van zijn soort is. Wanneer hij echter ontdekt dat dit helemaal niet zo is, besluit hij zijn kooi in Minnesota te verlaten en op reis te gaan naar Rio de Janeiro. Samen met Jewel, de andere zeldzame papegaai van zijn soort, komt Blu in een onverwacht avontuur terecht.

Blu, Jewel en hun drie kinderen hebben een perfect leven in de magische stad Rio de Janeiro. Wanneer Jewel besluit dat de kinderen moeten leren leven als echte vogels staat ze erop dat de familie naar het Amazonegebied gaat. Terwijl Blu zich probeert in te passen bij zijn nieuwe buren vreest hij dat hij Jewel en zijn kinderen verliest aan de wilde dieren.

Lino werkt als entertainer op kinderfeestjes. Hij wordt echter constant gepest door de kinderen omdat hij in een groot kattenpak rondloopt. Vastbesloten om zijn leven te veranderen gaat hij op bezoek bij een heks.