Tijdens het zomerfestival vijf jaar geleden ontmoetten twee meisjes elkaar bij een mysterieuze boom en zagen twee gloeiende bollen. Nu, deze twee meisjes - Saki Hyuga, topwerper in het softbalteam van de school; en Mai Mishou, die liever schetst dan sterren kijken, worden door de geesten van bloemen (Flappy) en vogels (Choppy) gekozen om de zeven fonteinen te herstellen en hun werelden te redden van de donkere herfst. Samen vormen ze de NIEUWE Pretty Cure.

De duisternis dringt binnen en de jonge exorcist Allen Walker is de grootste hoop van de mensheid tegen de kwade krachten die samenzweren om de beschaving op de knieën te krijgen. Akuma – wrede geesten geboren uit tragedie en verloren zielen – loeren in elke schaduw, bereid en gretig om de bevelen van hun leider, de gevreesde Millennium Earl, op te volgen. Met een oog vervloekt om het kwaad in zijn ware vorm te zien en gezegend met een arm om zielsverslindende demonen te doden, staat Allen klaar om het toenemende kwaad het hoofd te bieden. Als hij faalt, zal de onschuld voor altijd verloren zijn. De oorlog om het lot van de mensheid te beslissen is begonnen – en het bloedbad zal eindeloos zijn.