Ronald Fleury leidt een anti-terrorisme eenheid die de verantwoordelijken van een bomaanslag op Amerikaanse burgers in het Midden Oosten moet opsporen. Eenmaal in het weinig toegankelijke woestijnland, proberen de Amerikanen een lokale politie-officier aan hun kant te krijgen om hun onderzoek te vergemakkelijken. Maar het onderzoek wordt gedwarsboomd door bureaucratie en tradities en de levens van Fleury en zijn manschappen staan op het spel.

Enkele Amerikaanse militairen onder leiding van Roy Miller gaan in de Iraakse woestijn op zoek naar massavernietigingswapens nadat een CIA-agent hem een intrige onthult. Terwijl ze van het ene gevaar in het andere tuimelen, komt er heel wat geheime informatie aan het licht over de totstandkoming van de oorlog.

Het waargebeurde verhaal over de kaping van een vliegtuig van Air France. Vier kapers dwingen het vliegtuig inclusief passagiers te laten landen in Entebbe, Oeganda, waarmee ze proberen tientallen Palestijnen die vastzitten in Israël te bevrijden.

De film is gebaseerd op het waargebeurde verhaal van Richard Phillips, kapitein van het cargoschip Maersk Alabama. In 2009 werd dit schip door Somalische piraten gekaapt en Phillips gaf zichzelf op als gijzelaar om zijn crew te redden.

De film gaat over United Airlines vlucht 93 van 11 september 2001 die door terroristen werd overgenomen. De passagiers kwamen er door gesprekken op hun mobiele telefoons achter dat andere vliegtuigen al in de torens van het WTC waren gevlogen en dat hun vliegtuig op weg was naar Washington D.C. De film laat zien hoe de passagiers besloten in opstand te komen tegen de kapers in een wanhopige poging te voorkomen dat het vliegtuig zou neerstorten.