Mr. Robot gaat over een jonge programmeur genaamd Elliot. Elliot lijdt aan een slopende antisociale stoornis en besluit dat hij alleen verbinding kan maken met mensen door ze te hacken. Hij gebruikt zijn vaardigheden als een wapen om de mensen om wie hij geeft te beschermen. Elliot vindt zichzelf terug in de splitsing tussen een cybersecurity bedrijf waar hij voor werkt en de onderwereld die hem probeert te werven om het Amerikaanse bedrijfsleven neer te halen. Het is Mr. Robot die Elliot werft bij de ondergrondse hackergroep.

Gesitueerd in Boston begin jaren negentig, toen de stad vol was met gewelddadige criminelen die werden aangemoedigd door lokale wetshandhavingsinstanties. Een tijd waarin corruptie en racisme de norm waren, totdat het allemaal plotseling veranderde door wat het Boston Miracle werd genoemd. Een Afro-Amerikaanse officier van justitie uit Brooklyn bepleit verandering en vormt een onwaarschijnlijke alliantie met een corrupte maar vereerde FBI-veteraan die de status-quo gehandhaafd wil houden.