De scholier Hodaka Morishima verlaat zijn huis op een afgelegen eiland en verhuist naar Tokio. Hij heeft geen geld en geen sociale contacten. Hodaka vindt uiteindelijk een baan als schrijver voor een occult tijdschrift. In een hoek van de drukke stad ontmoet hij een jong meisje, genaamd Hina Amano. Zij blijkt geheime bovennatuurlijke krachten te hebben.

Nu lid van Anteiku, groeit Ken Kaneki dichter bij de geesten om hem heen. Vastbesloten om zijn nieuwe thuis te beschermen tegen anti-griezelkrachten, traint hij zijn krachten in het geheim. Maar wanneer de beruchte fijnproever, Shū Tsukiyama, wil genieten van een half-griezelige smaak, wordt Kaneki's training op de proef gesteld.

Kazuki Suzumoto is gescheiden en woont samen met zijn 15-jarige zoon Kouki. Kouki bevindt zich in een gevoelige tijd. De vader voelt zich schuldig over zijn zoon. Kouki slaagt dan niet voor zijn toelatingsexamen voor de middelbare school. In de lente van het volgende jaar slaagt Kouki ternauwernood voor zijn toelatingsexamen voor de middelbare school. Kouki vertelt Kazuki dat hij de lunchbox van zijn vader leuk vindt. Vader en zoon doen elkaar een belofte. Kazuki belooft dat hij elke dag een lunchdoos voor Kouki zal maken. Kouki belooft dat hij nooit school zal overslaan.

Niemand lijkt Nakami te begrijpen. Zijn nachten zijn rusteloos, zijn dagen slaperig en zijn tijd op school brengt hij door in isolatie. Toch lijkt dat allemaal te veranderen wanneer hij zijn zorgeloze klasgenoot, Magari, tegenkomt die in het verlaten observatorium van hun middelbare school. Magari is niet alleen vriendelijk, ze lijdt ook aan slapeloosheid . Samen vinden ze solidariteit in hun gedeelde toestand en gebruiken ze het observatorium om te dutten als dat nodig is. Wanneer het gebruik van de ruimte wordt ontdekt, is de enige manier om hun toevluchtsoord te redden, door de lang ter ziele gegane astronomieclub van de school nieuw leven in te blazen. Terwijl ze samenwerken en elkaar leren kennen, wordt hun band steeds sterker, maar verborgen waarheden dreigen hun ontluikende vriendschap te bedreigen.

Een moeder zoekt naar haar vermiste zoon na een verwoestende ramp, maar beseft dat ze is overleden en nu is opgesloten in een rijk van rusteloze geesten.