Saki's high techploeg wordt beschuldigd van terrorisme en voelt de hitte en zit in het vizier. Ondertussen wordt de sluier van mysterie die Takizawa bedekt, opgeheven terwijl hij en zijn mede-Selecao hun laatste stappen zetten. Aan elk spel moet een einde komen. Voor degenen die het verwrongen samenzweringsspel van Mr. Outside spelen: het einde komt nu.

Takizawa voorkwam de vernietiging van Japan - en verdween toen. Zes maanden later leiden aanwijzingen Saki naar de Big Apple, op zoek naar haar vermiste vriendin. Ondertussen beramen de overgebleven Selecao hun laatste zet. Sommigen van hen zouden Takizawa liever dood en uit de weg hebben. Sommigen zijn misschien zelfs bereid hem te helpen zijn doelen te bereiken. Helaas zijn sommigen bereid alles te vernietigen als dat betekent dat ze schaakmat moeten zetten in het puzzelspel van Mr. Outside.

Een collectie van zeven verhalen uit het Halo universum gecreëerd door de meest creatieve geesten van Japan. "Origins" behandelt de geschiedenis van het expansieve Halo universum door de ogen van Cortana.