Scorpion is geïnspireerd op een waargebeurd verhaal. Het is een drama over het excentrieke genie Walter O'Brien en zijn team aan briljante buitenbeentjes die de laatste lijn van verdediging zijn tegen complexe, high-tech bedreigingen van de moderne tijd.

Dexter is een forensisch bloedspatten expert, werkend voor de Miami Metro Politie Afdeling. Hij is de steun en toeverlaat voor zijn zus en heeft een vaste vriendin met twee kinderen die gek op hem zijn. Daarnaast heeft Dexter een nogal actief 'nachtleven'. Strikt volgens een code, opgelegd door zijn stiefvader, Harry, jaagt Dexter op mensen die uit de handen van het rechtssysteem zijn geglipt en zorgt er zo voor dat ze nooit meer een tweede misdaad zullen begaan.

In het Los Angeles van de jaren 60 raken twee agenten en de familie van een vooraanstaand politicus verstrikt in het web van drugs en seks van Charles Manson.

Bosch is een rechercheur van de afdeling moordzaken in Los Angeles. Hij wordt achtervolgd door een incident van twee jaar geleden, waarbij hij mogelijk een verdachte zou hebben gedood, en waarvoor hij voor de rechtbank moet verschijnen. Tegelijkertijd onderzoekt hij enkele moorden, waaronder die op een jongetje waarvan het skelet wordt gevonden in het bos. Het jongetje blijkt al in 1989 of eerder te zijn vermoord en zo verschrikkelijk te zijn mishandeld (meer dan veertig gebroken botten, deels weer genezen, deels recenter bij zijn overlijden), dat zijn exacte leeftijd niet goed meer valt vast te stellen.